A destinação de recursos financeiros caberá ao Programa Dinheiro Direto na Escola (PDDE), com depósito em conta bancária específica aberta pelo FNDE. Escolas que tenham de quatro a 50 estudantes receberão R$ 11,6 mil; de 51 a 150, R$ 13 mil; acima de 150, R$ 15 mil. Do total recebido, a escola deve destinar 70% a custeio e 30% a capital.
No item custeio, as escolas podem usar os recursos para obras de reparos em paredes internas e externas, instalação ou reparo de redes hidráulica e elétrica, conserto de janelas e telhados, instalação de pias e vasos sanitários, reforma de mobiliário, pagamento de mão de obra, aquisição de material de construção e perfuração de poços artesianos, entre outros serviços. Dos 70% do custeio, a escola pode destinar até 50% a contratos de serviços de pedreiro, eletricista e marceneiro.
Na parte de capital, que corresponde a 30% dos recursos, as escolas podem comprar equipamentos para cozinha, como fogão a gás, botijões e geladeira; bomba elétrica para poços artesianos ou cisternas; mobiliário escolar — carteiras e mesas para alunos e professores, armários e estantes.
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